任何工艺的咖啡（水洗、天然、蜂蜜等）也可以进行脱咖啡因处理。脱咖啡因本身发生在咖啡被收获、加工并去除羊皮纸层之后；大多数时候，咖啡需要送到特定的设施去咖啡因，而不是在工厂里去除咖啡因。

目前，还没有所谓的基因脱咖啡因咖啡，这意味着脱咖啡因咖啡需要通过物理去除绿色咖啡种子中的咖啡因来生产。今天的大多数无咖啡因咖啡加工方法都是复杂而彻底的，可以去除咖啡中99%的天然咖啡因。

乙酸乙酯（E.A.）——这种天然存在的酯（存在于香蕉中，也是发酵糖的副产品）可以分离出来，用作溶剂与生咖啡结合并从中去除咖啡因。首先，将咖啡分类并在低压下蒸30分钟，以打开咖啡籽的孔隙，为脱咖啡因做好准备。将咖啡放入水和乙酸乙酯的溶液中，E.a.将开始与种子内的绿原酸盐结合。在八个小时内，水箱将被排空并重新装满，直到不再检测到咖啡因。种子被再次蒸熟以去除乙酸乙酯的痕迹，尽管E.A.只对人类有害的数量非常高（百万分之400或更多）。咖啡经过干燥和抛光后出口。

山水处理（MWP）-我们的水处理脱咖啡因是在墨西哥一家名为Descmex的工厂中完成的。为了在这个过程中去除咖啡因，将生咖啡浸泡在水溶液中，水溶液可以去除咖啡中的咖啡因和其他可溶性物质（例如风味化合物）。水从种子中被去除，并通过一个特殊的过滤器，该过滤器捕获咖啡因分子，并使其从溶液中过滤出来。这种溶液现在含有风味化合物，但不含咖啡因，然后被重新引入绿咖啡种子中，绿咖啡种子会重新吸收可溶性物质。然后将咖啡再次烘干，准备再次出口。

二氯甲烷（MC）——与其他脱咖啡因过程一样，二氯甲烷是一种溶剂，用于与绿咖啡种子结合并从中剥离咖啡因分子。KVW-MC工艺首先使用热水从咖啡种子中提取咖啡因和其他可溶性物质，然后将种子从水中去除。然后将二氯甲烷加入水溶液中，使其与咖啡因结合；由于MC与水不混溶，它很容易与结合的咖啡因一起从溶液中去除，并且咖啡种子被重新浸没以吸收其可溶性化合物。美国食品和药物管理局表示，MC在脱咖啡因过程中使用是安全的，并且在百万分之十（ppm）或更低的消费量下对人类无害。使用这种方法脱咖啡因的咖啡已被证明含有该安全量的一小部分。